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提篮桥科研美容院 Version 0.0.1

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自定义模块：PCR数据梦幻工厂：

版本 0.0.1 | 学术伦理规避认证等级 ★★★★☆

简介：

本模块专为解决qPCR实验结果中「CT值不够性感」「扩增曲线缺乏艺术性」等顽固痛点设计，提供从原始数据清洗、误差棒美学长度调节到△CT值艺术化改良的全流程解决方案，确保您的基因表达量始终呈现顶刊级优雅波动。具体使用场景见模块功能介绍。

真正的科学发现，永远经得起原始数据的粗糙之美。

功能介绍：

本模块内置3类PCR数据优化模式，主要功能及推荐使用场景如下：

优化模式	使用场景	功能简介	输出格式	数据类型
简单优化模式	应对”三明治审稿人”（只看摘要图表/不查原始数据）的学术快消场景	提供一键式”审稿人友好型”数据抛光，您仅需提供完美的△CT的平均数和符合大众审美的误差棒美学长度，本程序便可以确保柱状图高度符合人类视觉黄金分割比例	.xlsx文件	△CT、△CT Mean、△CT SD
倍数优化模式	当实验设计存在”对照组-敲除组-过表达组”三位一体结构时，实施战略级差异放大	您仅需提供完美的Ctrl组△CT和内参基因CT值的平均数、符合大众审美的误差棒美学长度以及组间倍率，通过△CT倍增引擎，将肉眼不可见的细微差异转化为”显然具有生物学意义”的顶刊级美学间距	.xlsx文件	CT、CT Mean、CT SD、 △CT、△CT Mean、△CT SD、△△CT
自定义优化模式	应对多因素/时间梯度/剂量依赖等复杂实验拓扑，需保持各组”趋势优雅且彼此不打架”的学术外交场景	提供多维趋势线雕刻刀+方差调和协议，确保10组数据呈现《Nature》级”混乱中的秩序美”	.xlsx文件	CT、CT Mean、CT SD、 △CT、△CT Mean、△CT SD

由于PCR实验设计较为复杂，本程序按照以下初始模版进行设计，请您按照以下内容准备完美的数据阵列，以便我们为您提供柱状图高度误差≤像素级审美公差的顶刊级科研服务。（不同模式下您需要提供的数据不同，您需要提供的数据已用√标记，不生成的数据用-表示，其余会自动生成）

优化模式	样本名	处理方式	重复试验编号	目的基因CT 1	目的基因CT 2	目的基因CT 3	目的基因CT Mean	目的基因CT SD	内参基因CT 1	内参基因CT 2	内参基因CT 3	内参基因CT Mean	内参基因CT SD	△CT Mean	△CT SD
简单优化模式	√	√	√	-	-	-	-	-	-	-	-	-	-	√	√
倍数优化模式	√		√					√				√	√	√	√
自定义优化模式	√	√	√					√				√	√	√	√

简单优化模式

-“三明治审稿人”鼎级取悦神器，适用于仅生成△CT的情况。（此外，IP-PCR实验推荐使用本模式，使用完后将△CT更换为CT即可）

功能简介：

面向「仁慈型审稿人」特供的傻瓜式数据包装解决方案，专为应对”三明治评审”（只看摘要图/不查原始数据）场景设计。本模式通过三键操作实现「数据从实验室台面到期刊封面」的无痛转化。注：本模式下仅生成△CT值及其配套数据，并生成.xlsx文件。

输入数据：

样本名称；
处理方式（注意：默认每一个样本都经历该处理方式，即最终结果数为样本名称 * 处理方式 * 重复组数）；
目的基因名称；
输出的.xlsx文件名（强制会在文件名前添加时间戳，文件位于主程序所在文件夹的output文件夹内）；
生物学重复次数（表格内编号默认rep x）；
每个样品下该处理方式的平均数（目标颜值）；
每个样品下该处理方式的标准差（误差棒美学长度）。
输出数据：

| 样本名 | 处理方式 | 重复试验编号 | 目的基因 | △CT 值 | △CT Mean | △CT SD | |——–|———-|————–|———-|——–|———-|——–| | HepG2 | sh | rep 1 | SSB | 6.77 | 7.05 | 0.23 | | HepG2 | sh | rep 2 | SSB | 6.85 | 7.05 | 0.23 | | HepG2 | sh | rep 3 | SSB | 7.57 | 7.05 | 0.23 | | HepG2 | ctrl | rep 1 | SSB | 16.81 | 16.54 | 0.43 | | HepG2 | ctrl | rep 2 | SSB | 16.74 | 16.54 | 0.43 | | HepG2 | ctrl | rep 3 | SSB | 15.84 | 16.54 | 0.43 |

范例演示：

范例数据下载：范例数据

    已进入简单优化模式，请按照引导程序填写要求：
    请输入样本名（用英文逗号分隔）: HepG2
    请输入处理方式（用英文逗号分隔）: sh,ctrl
    请输入目的基因名称: SSB
    请输入输出文件名（例如 output.xlsx）: HepG2_SSB_sh_vs_ctrl
    请输入样本 'HepG2' 和处理方式 'sh' 的重复实验数: 3
    请输入样本 'HepG2' 和处理方式 'sh' 的 △CT 平均数: 6.83
    请输入样本 'HepG2' 和处理方式 'sh' 的 △CT 标准差: 0.23
    请输入样本 'HepG2' 和处理方式 'ctrl' 的重复实验数: 3
    请输入样本 'HepG2' 和处理方式 'ctrl' 的 △CT 平均数: 15.98
    请输入样本 'HepG2' 和处理方式 'ctrl' 的 △CT 标准差: 0.45
    Excel 文件已生成: 20250217_HepG2_SSB_sh_vs_ctrl.xlsx

备注：

混淆参数与数据精度同主程序设施，请在主程序设置中更改；
由于每个生物学重复下有内参基因+目的基因各三个组内重复（96孔板上），一个样本计费3元，所以每次运行都会在给老板省钱统计中增加 样本数 * 处理方法 * 生物学重复 * 组内重复（3个） * 2（内参+目的） * 3元；
过度优化可能会触发「审稿人竟然要看原始数据」的生存危机。

倍数优化模式

-「对照组-敲除组-过表达组」三位一体式研究设计的核动力差异引擎，适用于只有对照-过表达-敲除组的情况，可完美生成所有原始数据。

功能简介：

专为「对照组-敲除组-过表达组」三位一体式研究设计的战略级差异放大器，可将肉眼不可见的细微波动，转化为《Science》封面级的”显然具有生物学意义”美学间距。注：本模式下提供生成CT值及其配套数据，并生成.xlsx文件。

输入数据：

样本名称；
处理方式（注意：默认每一个样本都经历该处理方式，即最终结果数为样本名称 * 处理方式 * 重复组数）；
目的基因名称；
内参基因名称；
输出的.xlsx文件名（强制会在文件名前添加时间戳，文件位于主程序所在文件夹的output文件夹内）；
ctrl组生物学重复次数（表格内编号默认rep x）；
ctrl组的 △CT 值平均数 - 用于生成Cell级优雅趋势线；
ctrl组的 △CT 值标准差 - 用于生成符合「审稿人兴奋阈值」的完美误差棒；
ctrl 组的内参基因 CT 值平均数 - 一个良好的背景水平是趋势线沉鱼落雁的基础；
ctrl 组的内参基因 CT 值标准差；
ctrl 组的目的基因 CT 值标准差（目的基因CT值平均数会通过△CT和内参基因CT计算得出，此处是用于生成的方差齐性）；
ov 组的 △CT 值是 ctrl 的多少倍；
sh 组的 △CT 值是 ctrl 的多少倍。

输出数据：

| Sample Name | Group | Repeat Number | TP53 CT 1 | TP53 CT 2 | TP53 CT 3 | TP53 CT Mean | TP53 SD | GAPDH CT 1 | GAPDH CT 2 | GAPDH CT 3 | GAPDH CT Mean | GAPDH CT SD | △CT | △CT Mean | △CT SD | |————-|——-|—————|———–|———–|———–|————–|———|————|————|————|—————|————|——|———-|——–| | BV2 | sh | rep 1 | 24.76 | 24.98 | 24.87 | 24.87 | 0.09 | 21.41 | 21.75 | 21.19 | 21.45 | 0.23 | 3.58 | 3.42 | 0.22 | | BV2 | sh | rep 2 | 24.93 | 24.83 | 24.93 | 24.9 | 0.05 | 21.71 | 20.88 | 21.85 | 21.48 | 0.43 | 3.57 | 3.42 | 0.22 | | BV2 | sh | rep 3 | 25.08 | 25.08 | 25.09 | 25.08 | 0.01 | 21.7 | 21.38 | 22.21 | 21.76 | 0.34 | 3.64 | 3.42 | 0.22 | | BV2 | ov | rep 1 | 35.27 | 35.11 | 34.47 | 34.95 | 0.35 | 19.94 | 20.78 | 20.87 | 20.53 | 0.42 | 14.47| 14.13 | 0.81 | | BV2 | ov | rep 2 | 35.31 | 34.93 | 35.36 | 35.2 | 0.19 | 20.38 | 20.19 | 20.36 | 20.31 | 0.09 | 14.71| 14.13 | 0.81 | | BV2 | ov | rep 3 | 34.53 | 35.18 | 34.65 | 34.79 | 0.28 | 19.87 | 20.35 | 21.02 | 20.41 | 0.47 | 14.18| 14.13 | 0.81 | | BV2 | ctrl | rep 1 | 31.36 | 31.28 | 32.16 | 31.6 | 0.4 | 23.7 | 24.11 | 24.11 | 23.97 | 0.19 | 7.53 | 7.28 | 0.44 | | BV2 | ctrl | rep 2 | 31.32 | 30.49 | 30.86 | 30.89 | 0.34 | 24.36 | 24.12 | 24.64 | 24.37 | 0.21 | 7.14 | 7.28 | 0.44 | | BV2 | ctrl | rep 3 | 31.19 | 31.33 | 30.47 | 31 | 0.38 | 23.9 | 23.96 | 23.33 | 23.73 | 0.28 | 6.93 | 7.28 | 0.44 |

范例演示：

范例数据下载：范例数据

    已进入倍数优化模式，请按照引导程序填写要求：
    请输入样本名（用逗号分隔）: BV2
    请输入目的基因名称: TP53
    请输入内参基因名称: GAPDH
    请输入文件名（无需扩展名，例如 output）: BV2_TP53_GAPDH
    
    请输入样本 'BV2' 的 ctrl 组数据:
    请输入 ctrl 组的重复实验数: 3
    请输入 ctrl 组的 △CT 值平均数: 7.452
    请输入 ctrl 组的 △CT 值标准差: 0.46
    请输入 ctrl 组的目的基因 CT 值标准差: 0.23
    请输入 ctrl 组的内参基因 CT 值平均数: 22.45
    请输入 ctrl 组的内参基因 CT 值标准差: 0.34
    请输入 ov 组的 △CT 值是 ctrl 的多少倍: 1.8
    请输入 sh 组的 △CT 值是 ctrl 的多少倍: 0.45
    Excel 文件已生成: 20250218_BV2_TP53_GAPDH.xlsx

备注：

混淆参数与数据精度同主程序设施，请在主程序设置中更改；
由于每个生物学重复下有内参基因+目的基因各三个组内重复（96孔板上），一个样本计费3元，所以每次运行都会在给老板省钱统计中增加 样本数 * 3（3个组别） * 生物学重复 * 组内重复（3个） * 2（内参+目的） * 3元；
过度优化可能会触发「真实数据恐惧症」的症状，出现认为±0.5的波动属于”不可接受的巨大偏差”。

自定义优化模式

-多因素/时间梯度/剂量依赖等复杂实验设计的学术外交官，适用于几乎所有的PCR实验，可完美生成所有原始数据。

功能简介：

面向「多因素/时间梯度/剂量依赖」等复杂实验设计的终极数据包装解决方案，专为应对「既要趋势优雅，又要组间和谐」的学术外交场景设计。本模式通过多维趋势线雕刻刀+方差调和协议，确保10组数据呈现《Nature》级”混乱中的秩序美”。注：本模式下提供生成CT值及其配套数据，并生成.xlsx文件。

输入数据：

样本名称；
处理方式（注意：默认每一个样本都经历该处理方式，即最终结果数为样本名称 * 处理方式 * 重复组数）；
目的基因名称；
内参基因名称；
输出的.xlsx文件名（强制会在文件名前添加时间戳，文件位于主程序所在文件夹的output文件夹内）；
每个样品下该处理方式的生物学重复次数（表格内编号默认rep x）；
每个样品下该处理方式的 △CT 值平均数 - 用于生成Cell级优雅趋势线；
每个样品下该处理方式的 △CT 值标准差 - 用于生成符合「审稿人兴奋阈值」的完美误差棒；
每个样品下该处理方式的内参基因 CT 值平均数 - 一个良好的背景水平是趋势线沉鱼落雁的基础；
每个样品下该处理方式的内参基因 CT 值标准差；
每个样品下该处理方式的目的基因 CT 值标准差（目的基因CT值平均数会通过△CT和内参基因CT计算得出，此处是用于生成的方差齐性）；

输出数据：

| Sample Name | Group | Repeat Number | AR CT 1 | AR CT 2 | AR CT 3 | AR CT Mean | AR SD | GAPDH CT 1 | GAPDH CT 2 | GAPDH CT 3 | GAPDH CT Mean | GAPDH CT SD | △CT | △CT Mean | △CT SD | |————-|——-|—————|———|———|———|————|——-|————|————|————|—————|————-|——|———-|——–| | THP-1 | ov | rep 1 | 29.34 | 28.41 | 29.57 | 29.11 | 0.5 | 23.14 | 23.39 | 22.77 | 23.10 | 0.25 | 7.02 | 6.76 | 0.22 | | THP-1 | ov | rep 2 | 28.47 | 29.26 | 29.86 | 29.20 | 0.57 | 22.00 | 22.32 | 22.92 | 22.41 | 0.38 | 6.39 | 6.76 | 0.22 | | THP-1 | ov | rep 3 | 30.24 | 29.30 | 29.06 | 29.53 | 0.51 | 23.02 | 21.66 | 22.55 | 22.41 | 0.56 | 6.92 | 6.76 | 0.22 | | THP-1 | ctrl | rep 1 | 24.75 | 25.11 | 24.75 | 24.87 | 0.17 | 22.95 | 22.99 | 23.64 | 23.19 | 0.32 | 1.73 | 2.25 | 0.66 | | THP-1 | ctrl | rep 2 | 25.76 | 25.59 | 25.87 | 25.74 | 0.12 | 22.95 | 23.11 | 22.78 | 22.95 | 0.13 | 2.82 | 2.25 | 0.66 | | THP-1 | ctrl | rep 3 | 25.39 | 25.03 | 25.23 | 25.22 | 0.15 | 22.73 | 23.39 | 23.48 | 23.20 | 0.33 | 2.14 | 2.25 | 0.66 |

范例演示：

范例数据下载：范例数据

    已进入自定义优化模式，请按照引导程序填写要求：
    请输入样本名（用逗号分隔）: THP-1
    请输入处理方式（用逗号分隔）: ov,ctrl
    请输入目的基因名称: AR
    请输入内参基因名称: GAPDH
    请输入文件名（无需扩展名，例如 output）: THP-1_ov_vs_ctrl_AR
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ov' 的重复实验数: 3
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ov' 的 △CT 值平均数: 6.5
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ov' 的 △CT 值标准差: 0.23
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ov' 的内参基因 CT 值平均数: 23.2
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ov' 的内参基因 CT 值标准差: 0.45
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ov' 的目的基因 CT 值标准差: 0.65
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ctrl' 的重复实验数: 3
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ctrl' 的 △CT 值平均数: 2.35
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ctrl' 的 △CT 值标准差: 0.66
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ctrl' 的内参基因 CT 值平均数: 22.87
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ctrl' 的内参基因 CT 值标准差: 0.32
    请输入样本 'THP-1' 和处理方式 'ctrl' 的目的基因 CT 值标准差: 0.19
    Excel 文件已生成: 20250218_THP-1_ov_vs_ctrl_AR.xlsx

备注：

混淆参数与数据精度同主程序设施，请在主程序设置中更改；
由于算法限制，在生成目的基因和内参基因CT值时，标准差和平均数可能会超过混淆参数的浮动，但是不会影响您教科书级的误差棒柔性长度和Nature级趋势曲线；
由于每个生物学重复下有内参基因+目的基因各三个组内重复（96孔板上），一个样本计费3元，所以每次运行都会在给老板省钱统计中增加 样本数 * 3（3个组别） * 生物学重复 * 组内重复（3个） * 2（内参+目的） * 3元；
过度优化可能会触发「道德焦虑」的情况，但可以通过想“你的竞争对手也在用”解决此问题。